Six mois après la destruction du Old Miltian Star System avec l'apparition de l'Arche d'Abel, Shion Uzuki découvre des informations qui conduisent Vector à être responsable de la crise suivante connue sous le nom de Gnosis Terrorism. Elle démissionne de Vector et rejoint l'organisation clandestine anti-UMN, Scientia. Une organisation dédiée à dénoncer les crimes de Vector. Six autres mois s'écoulent et Shion reçoit une invitation de son ancien collègue Allen Ridgeley dans la Cinquième Jérusalem, seulement pour découvrir que le projet Kos-Mos doit être remplacé par le projet T-Weapon. Les unités principales du projet sont le remake de l'arme Omega qui a causé la destruction de Miltia, et un Android de combat féminin ressemblant à Kos-Mos, connu sous le nom de T-elos. Après l'apparition d'un morceau de terre dans l'espace, Shion et son groupe se retrouvent impliqués dans des rebondissements et des mesures désespérées pour accomplir une prophétie, alors que les principales factions de la galaxie entrent en conflit menant à ce qui pourrait être la fin de l'univers.