Seis meses desde a destruição do Antigo Sistema Estelar Miltiano com o aparecimento da Arca de Abel, Shion Uzuki descobre informações que levam Vector a ser responsável pela seguinte crise conhecida como Terrorismo de Gnose. Ela renuncia a Vector e se junta à organização underground anti-UMN, Scientia. Uma organização dedicada a expor os crimes de Vector. Mais seis meses se passam, e Shion recebe um convite de seu ex-colega de trabalho Allen Ridgeley para a Quinta Jerusalém, apenas para descobrir que o projeto Kos-Mos deve ser substituído pelo projeto T-Weapon. As unidades principais do projeto são o remake da Arma Omega, que foi a causa da destruição de Miltia, e um Android de Batalha Feminina parecido com Kos-Mos, conhecido pelo nome de T-elos. Após o aparecimento de um pedaço de terra no espaço sideral, Shion e seu grupo se envolvem em reviravoltas e medidas desesperadas para cumprir uma profecia, enquanto as principais facções da galáxia entram em conflito levando ao que poderia ser o fim do ...