Mikey Kudo, un niño de séptimo grado, escuchó una melodía misteriosa y la siguió hasta un callejón donde un misterioso y legendario Digivice llamado Fusion Loader apareció frente a él. Acompañado por sus amigos, Angie Hinomoto y Jeremy Tsurugi, fueron arrastrados al mundo digital. Pronto se dieron cuenta de que el Mundo Digital era un lugar habitado por criaturas vivientes llamadas Digimon y que ahora está siendo asumido lentamente por un imperio malvado llamado Ejército Bagra. Ahora, Mikey y su equipo de "Fusion Fighters" se convierten en una figura importante para liberar al mundo del Ejército Bagra, dirigido por su Emperador Lord Bagra.