Mikey Kudo, un ragazzo di seconda media, ha sentito una melodia misteriosa e l'ha seguita in un vicolo dove un misterioso e leggendario Digivice chiamato Fusion Loader è apparso di fronte a lui. Accompagnati dai suoi amici, Angie Hinomoto e Jeremy Tsurugi, sono stati trascinati nel mondo digitale. Ben presto si resero conto che il mondo digitale era un luogo abitato da creature viventi chiamate Digimon e ora viene lentamente conquistato da un impero del male chiamato Bagra Army. Ora, Mikey e il suo team di "Fusion Fighters" diventano una figura importante per liberare il mondo dall'esercito Bagra, guidato dal loro imperatore Lord Bagra.