Mikey Kudo, ein Junge der 7. Klasse, hörte eine mysteriöse Melodie und folgte ihr in eine Gasse, wo ein mysteriöser, legendärer Digivice namens Fusion Loader vor ihm auftauchte. Begleitet von seinen Freunden Angie Hinomoto und Jeremy Tsurugi wurden sie in die digitale Welt gezerrt. Sie erkannten bald, dass die digitale Welt ein Ort war, der von Lebewesen namens Digimon bewohnt wurde und nun langsam von einem bösen Imperium namens Bagra Army übernommen wird. Jetzt werden Mikey und sein "Fusion Fighters"-Team zu einer wichtigen Figur, um die Welt von der Bagra-Armee zu befreien, die von ihrem Imperator Lord Bagra angeführt wird.