Mikey Kudo, um garoto da 7ª série, ouviu uma melodia misteriosa e a seguiu até um beco onde um Digivice misterioso e lendário chamado Fusion Loader apareceu na frente dele. Acompanhados de seus amigos, Angie Hinomoto e Jeremy Tsurugi, foram arrastados para o Mundo Digital. Eles logo perceberam que o Mundo Digital era um lugar habitado por criaturas vivas chamadas Digimon e agora está sendo lentamente conquistado por um império do mal chamado Exército Bagra. Agora, Mikey e sua equipe "Fusion Fighters" se tornam uma figura importante para libertar o mundo do Exército Bagra, liderado por seu Imperador Lord Bagra.