Mikey Kudo, un garçon de 7e année, a entendu une mystérieuse mélodie et l'a suivi jusqu'à une ruelle où un mystérieux et légendaire Digivice appelé Fusion Loader est apparu devant lui. Accompagnés de ses amis, Angie Hinomoto et Jeremy Tsurugi, ils ont été entraînés dans le monde numérique. Ils se sont vite rendu compte que le monde numérique était un endroit habité par des créatures vivantes nommées Digimon et qu'il est maintenant lentement repris par un empire maléfique nommé l'armée Bagra. Maintenant, Mikey et son équipe "Fusion Fighters" deviennent une figure importante pour libérer le monde de l'armée Bagra, dirigée par leur empereur Lord Bagra.