Tras el colapso de una superpotencia del escenario mundial, que se suponía que era la Unión Soviética, surgieron varias facciones que competían por el control de sus antiguas áreas. Uno de ellos fue la organización terrorista SKAR, cuyo objetivo es nada menos que la conquista del mundo. En el año 2006, un nuevo G.I. El equipo Joe se crea para enfrentar a SKAR y otras facciones ávidas de poder en una guerra cada vez más inestable y devastada por la guerra.