Nach dem Zusammenbruch einer Supermacht der Weltbühne, impliziert die Sowjetunion, entstanden mehrere Fraktionen und wetteiferten um die Kontrolle über ihre ehemaligen Gebiete. Einer von ihnen war die Terrororganisation SKAR, die auf nichts weniger als die Welteroberung abzielt. Im Jahr 2006 wurde ein neuer G.I. Das Joe-Team wurde geschaffen, um sich SKAR und anderen machthungrigen Fraktionen in einem zunehmend instabilen, kriegszerrütteten Krieg zu stellen.