In seguito al crollo di una superpotenza della scena mondiale, implicita nell'Unione Sovietica, emersero diverse fazioni che gareggiavano per il controllo delle sue ex aree. Uno di loro era l'organizzazione terroristica SKAR, che mira nientemeno che alla conquista del mondo. Nell'anno 2006, un nuovo G.I. Il team di Joe è stato creato per affrontare SKAR e altre fazioni assetate di potere in una guerra sempre più instabile e dilaniata dalla guerra.