Sovyetler Birliği olduğu ima edilen dünya sahnesinin bir süper gücünün çöküşünün ardından, birkaç hizip ortaya çıktı ve eski bölgeleri üzerinde kontrol için yarıştı. Bunlardan biri, dünyayı fethetmekten başka bir şey olmayan terör örgütü SKAR'dı. 2006 yılında yeni bir G.I. Joe ekibi, giderek istikrarsızlaşan, savaşın parçaladığı bir savaşta SKAR ve diğer güce aç gruplarla yüzleşmek için yaratıldı.