Après l'effondrement d'une superpuissance de la scène mondiale, supposée être l'Union soviétique, plusieurs factions ont émergé et se sont disputées le contrôle de ses anciennes zones. L'un d'eux était l'organisation terroriste SKAR, qui vise rien de moins que la conquête du monde. En 2006, un nouveau G.I. L'équipe Joe est créée pour affronter SKAR et d'autres factions assoiffées de pouvoir dans une guerre de plus en plus instable et déchirée par la guerre.