Después de la devastación causada por el resurgimiento de Godzilla, se desata una mini carrera armamentística para recolectar sus células. Las células son obtenidas por la nación del Medio Oriente de Saradia, donde el genetista Genichiro Shiragami es encargado de estudiarlas.
Sin embargo, las células son buscadas por varios grupos, lo que lleva a un ataque terrorista que mata a la hija de Dr. Shiragami, Erika. A medida que Shiragami se retira a la soledad, el gobierno japonés se enfoca en desarrollar un contramedida biológica contra Godzilla en caso de que el monstruo sea liberado de su tumba volcánica.
Ellos solicitan la ayuda de Dr. Shiragami, cuyos experimentos resultan en una nueva y monstruosa mutación.