Nach der Verwüstung durch Godzillas Wiederkehr entsteht ein Miniatur-Wettrüsten, um seine Zellen zu sammeln. Die Zellen werden vom Nahoststaat Saradia erlangt, wo der Genetiker Genichiro Shiragami beauftragt wird, sie zu untersuchen. Die Zellen werden jedoch von verschiedenen Gruppen gesucht, was zu einem terroristischen Angriff führt, bei dem Dr. Shiragamis Tochter Erika getötet wird. Als Shiragami sich in die Isolation zurückzieht, setzt die japanische Regierung alles daran, ein Bio-Waffen-Gegenmittel gegen Godzilla zu entwickeln, falls das Monster jemals aus seinem vulkanischen Grab befreit wird. Sie ziehen Dr. Shiragami hinzu, dessen Experimente zu einer monströsen neuen Mutation führen.