Après la dévastation de la résurgence de Godzilla, une course aux armements miniature s'ensuit pour collecter ses cellules. Les cellules sont obtenues par la nation du Moyen-Orient de Saradia, où le généticien Genichiro Shiragami est chargé de les étudier. Cependant, les cellules sont recherchées par divers groupes, ce qui entraîne une attaque terroriste qui tue la fille de Dr. Shiragami, Erika. Alors que Shiragami se retire dans l'isolement, le gouvernement japonais se concentre sur le développement d'une contre-mesure biologique contre Godzilla au cas où le monstre serait libéré de son tombeau volcanique. Ils font appel à l'aide du Dr. Shiragami, dont les expériences aboutissent à une nouvelle mutation monstrueuse.