Godzilla'nın dirilişinin yıkımından sonra, hücrelerini toplamak için minyatür bir silahlanma yarışı başlar. Hücreler, genetikçi Genichiro Shiragami'nin onları incelemekle görevlendirildiği orta doğudaki Saradia ulusu tarafından elde ediliyor. Ancak, hücreler Dr. Shiragami'nin kızı Erika'yı öldüren bir terörist saldırıya yol açan çeşitli gruplar tarafından aranır. Shiragami tecrit içine çekilirken, Japon hükümeti, canavarın volkanik mezarından kurtarılması durumunda Godzilla'ya karşı bir biyolojik silah önlemi geliştirmeye odaklanıyor. Deneyleri yeni ve korkunç bir mutasyonla sonuçlanan Dr. Shiragami'nin yardımını alırlar.