Dopo la devastazione della resurrezione di Godzilla, scoppia una mini corsa agli armamenti per raccogliere le sue cellule. Le cellule sono ottenute dalla nazione del Medio Oriente di Saradia, dove il genetista Genichiro Shiragami è incaricato di studiarle. Tuttavia, le cellule sono ricercate da vari gruppi che portano a un attacco terroristico che uccide la figlia di Dr. Shiragami, Erika. Mentre Shiragami si ritira nell'isolamento, il governo giapponese punta a sviluppare un contro-misura di arma biologica contro Godzilla nel caso in cui il mostro venga mai liberato dalla sua tomba vulcanica. Si rivolgono all'aiuto del Dr. Shiragami, le cui sperimentazioni portano a una nuova e mostruosa mutazione.