Depois da devastação do ressurgimento de Godzilla, uma corrida armamentista em miniatura se desencadeia para coletar suas células. As células são obtidas pela nação do Oriente Médio de Saradia, onde o geneticista Genichiro Shiragami é encarregado de estudá-las.
No entanto, as células são procuradas por vários grupos, levando a um ataque terrorista que mata a filha de Dr. Shiragami, Erika. Enquanto Shiragami se retira para o isolamento, o governo japonês concentra seus esforços no desenvolvimento de uma contramedida de arma biológica contra Godzilla, caso o monstro seja libertado de sua tumba vulcânica.
Eles contam com a ajuda do Dr. Shiragami, cujos experimentos resultam em uma nova mutação monstruosa.