Negli angoli più remoti della Via Lattea, sul pianeta Zi, esistono forme di vita metalliche che possiedono abilità di combattimento superiori. Questi sono gli Zoid. Guerrieri per natura, gli Zoid sono stati usati come armi definitive in una guerra in corso tra le forze imperiali ei repubblicani del pianeta Zi. Un giovane ragazzo di nome Van, nato e cresciuto a Zi, nutre un forte fascino per Zoids. Sviluppa un'amicizia speciale con uno Zoid chiamato Zeke, che è in grado di fondersi con un altro Zoid, migliorando così la sua capacità di combattimento. Incontra anche una ragazza di nome Fiona con la quale inizia un viaggio di scoperta per scoprire il suo misterioso passato.