Nos confins da Via Láctea, no Planeta Zi, existem formas de vida metálicas que possuem habilidades de luta superiores. Esses são os Zoids. Guerreiros por natureza, os zoóides têm sido usados como as armas definitivas em uma guerra contínua entre as forças imperiais e os republicanos do planeta Zi. Um menino chamado Van, nascido e criado em Zi, tem um forte fascínio por Zoids. Ele desenvolve uma amizade especial com um Zoid chamado Zeke, que é capaz de se fundir com outro Zoid, aumentando assim sua habilidade de luta. Ele também conhece uma garota chamada Fiona com quem começa uma jornada de descoberta para descobrir sobre seu misterioso passado.