Zoidler, hem ulaşım gibi günlük kullanımda hem de savaş gibi özel kullanımlarda kullanılan canavar benzeri dövüş makineleridir. Organoidler olarak bilinen bazı Zoid türleri, yaşayan organizmalar olan minyatür Zoidlerdir. Bu Organoidler, canlı olmayan bir Zoid ile kaynaşma ve onu çok daha güçlü hale getirme yeteneğine sahiptir. Van (Ban) Freiheit, Zoids'i kullanan iki yabancıdan kaçarken terk edilmiş bir laboratuvarda bir Zoid Organoid keşfeder. Ayrıca laboratuvarda, hareketli bir süspansiyon tüpünde garip bir kız var. Tüpü kırar ve onu ve Organoid'i yanına alır. Yakınlarda harap olmuş bir Shield Liger Zoid'i fark eden Organoid, onunla birleşir ve hasarları onarır. Kaçmayı başaran Van, Organoid Zeke adını verir ve onu arkadaş olarak tutmaya karar verir. Adının Fiona olduğunu söyleyen kız Zoids Eve adında bir şey bulmak ister ve böylece Van, Zeke ve Fiona maceralarına başlarlar.