En los confines de la Vía Láctea, en el Planeta Zi, existen formas de vida metálicas que poseen habilidades de lucha superiores. Estos son los Zoids. Guerreros por naturaleza, los Zoids se han utilizado como las armas definitivas en una guerra en curso entre las fuerzas imperiales y los republicanos del planeta Zi. Un niño llamado Van, nacido y criado en Zi, tiene una gran fascinación por Zoids. Desarrolla una amistad especial con un Zoid llamado Zeke, que es capaz de fusionarse con otro Zoid, mejorando así su capacidad de lucha. También conoce a una chica llamada Fiona con la que inicia un viaje de descubrimiento para conocer su misterioso pasado.