Les Zoids sont des machines de combat ressemblant à des bêtes utilisées à la fois dans un usage quotidien comme le transport et dans un usage spécial comme la guerre. Certains types de zoïdes, appelés organoïdes, sont des zoïdes miniatures qui sont des organismes vivants. Ces organoïdes ont la capacité de fusionner avec un zoïde non vivant et de le rendre beaucoup plus puissant. Van (Ban) Freiheit découvre un Zoid Organoid dans un laboratoire abandonné alors qu'il fuit deux étrangers pilotant des Zoids. Toujours dans le laboratoire, dans un tube suspendu animé se trouve une étrange fille. Il brise le tube et l'emmène avec lui et l'organoïde. Repérant un Shield Liger Zoid en ruine à l'extérieur à proximité, l'organoïde fusionne avec lui et répare les dommages. En s'échappant, Van nomme l'organoïde Zeke et décide de le garder comme ami. La fille, qui dit qu'elle s'appelle Fiona, veut trouver quelque chose qui s'appelle Zoids Eve, et donc Van, Zeke et Fiona commencent leur aventure.