Zoids sind tierähnliche Kampfmaschinen, die sowohl im alltäglichen Gebrauch wie dem Transport als auch im Sondereinsatz wie im Krieg verwendet werden. Einige Arten von Zoids, die als Organoide bekannt sind, sind Miniatur-Zoids, die lebende Organismen sind. Diese Organoide haben die Fähigkeit, mit einem nicht lebenden Zoid zu verschmelzen und es viel stärker zu machen. Van (Ban) Freiheit entdeckt ein Zoid-Organoid in einem verlassenen Labor, während er vor zwei Fremden rennt, die Zoids steuern. Ebenfalls im Labor, in einer animierten Hängeröhre, befindet sich ein seltsames Mädchen. Er bricht die Röhre auf und nimmt sie und das Organoid mit. Er entdeckt einen zerstörten Shield Liger Zoid draußen in der Nähe, der Organoid verschmilzt mit ihm und repariert die Schäden. Auf seiner Flucht nennt Van den Organoiden Zeke und beschließt, ihn als Freund zu behalten. Das Mädchen, das sagt, ihr Name sei Fiona, will etwas namens Zoids Eve finden, und so beginnen Van, Zeke und Fiona ihr Abenteuer.