Mavi Kelebekler gibt dem Krieg auf dem Balkan ein menschliches Gesicht und konzentriert sich auf den wirklichen Schmerz des bosnischen Volkes. Aida (Oya Okar) ist ein bosnisches Mädchen, das zwischen der Liebe eines bosnischen Freundes (Murat) und einem ehemaligen Nachbarn und engen serbischen Feind (Marko) gefangen ist. Der Bürgerkrieg von 1992 und Jugoslawien ist in vollem Gange.