Mavi Kelebekler, Balkanlar'daki savaşa insani bir yüz çiziyor ve Bosna halkının gerçek acılarına odaklanıyor. Aida (Oya Okar), Bosnalı bir arkadaşının (Murat) aşkı ile eski komşusu ve yakın Sırp düşmanı (Marko) arasında kalmış Boşnak bir kızdır. 1992 iç savaşı ve Yugoslavya tüm hızıyla devam ediyor.