Un an après les événements de Destiny : Rise of Iron, la faction Red Legion de la Cabale, un immense empire militaro-industriel amphibien, attaque The Last City avec des forces écrasantes, dirigées par leur chef, Dominus Ghaul. Ghaul, croyant que le Voyageur a eu tort de donner la Lumière à l'humanité, parvient à dépouiller les Gardiens de leurs pouvoirs et à les forcer à fuir la Tour. Dispersés et impuissants, les Gardiens doivent acquérir de nouveaux pouvoirs pour affronter Ghaul et la Légion Rouge, s'aventurer dans de nouveaux mondes de l'univers Destiny et récupérer la Dernière Cité.