Tout a commencé avec une légende transmise par les Gens de l'Eau - Quelque part dans ce monde, il y a un Temple de la Mer créé par les Gens de l'Eau. Le temple de la mer contient un trésor caché appelé la couronne de la mer, mais personne n'a jamais vu la couronne de la mer, ni même le temple de la mer, car le temple est protégé par un mécanisme secret. Le temple dérive à travers un vaste océan sans être détecté, attendant - attendant... Sacha et Pikachu rencontrent Lizabeth, une descendante du Peuple de l'Eau, et découvrent la légende. Ils rencontrent également Jackie, un Pokémon Ranger en mission secrète pour protéger un œuf de Manaphy (Manaphy est mystérieusement connu sous le nom de Prince de la mer) et trouvent également le temple de la mer. Le Fantôme prévoit d'obtenir la couronne de mer et de conquérir le monde - mais il a d'abord besoin de l'œuf de Manaphy. Maintenant, Lizabeth et Ash doivent aider Jackie à protéger l'œuf et à arrêter l'infâme pirate.